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Sante au travail : detruire les dossiers medicaux

24 juillet 2026 · 10 min de lecture · DeSnipperaar

Un service de sante au travail et le medecin du travail traitent les donnees les plus sensibles qui existent sur le lieu de travail : informations medicales, causes d'absence, avis de reprise et resultats d'examen des salaries. Une partie releve d'une obligation medicale de conservation chez le medecin du travail, une partie de la limitation des finalites du RGPD chez l'employeur, et la separation entre les deux est stricte en droit. Ce guide montre, par partie, ce que vous conservez, quand cela peut partir et comment le detruire en confiance.

La reponse rapide : le dossier medical tenu par le medecin du travail a son propre delai medical, souvent autour de quinze ans. Les donnees d'absence non medicales que l'employeur conserve s'eliminent plus tot, en general dans les deux ans apres la fin du contrat. Ce qui peut partir disparait en confiance et avec un certificat.

Deux mondes : dossier medical et dossier du personnel

Dans un service de sante au travail, deux types de dossiers coexistent, et ils ne doivent pas se toucher. Le medecin du travail tient un dossier medical avec plaintes, diagnostics, avis de traitement et resultats d'examen. Ce dossier est confidentiel et releve du secret professionnel medical. L'employeur tient a cote un dossier d'absence, mais ne peut y consigner que des donnees non medicales, comme la date de l'arret, la duree prevue et les modalites de reprise. La cause de l'absence ou un diagnostic n'y a jamais sa place.

Cette separation n'est pas une question de forme. Elle protege le salarie contre un employeur qui aurait sinon acces a des informations de sante sensibles. Gardez donc les deux dossiers separes physiquement et numeriquement, avec leurs propres droits d'acces et leurs propres delais. La facon dont cette separation fonctionne dans une organisation de soins entre le dossier RH et le dossier patient montre combien cette frontiere est stricte. Qui melange les dossiers se heurte a une violation de donnees des que l'un des deux atterrit au mauvais endroit.

Delais de conservation par partie

Le delai varie fortement selon le type de donnee. L'apercu ci-dessous donne la ligne principale. Comptez la plupart des delais a partir de la fin du contrat ou de l'achevement de la reprise.

Partie	Point de depart	Delai
Dossier medical du medecin du travail	Obligation medicale	souvent 15 ans
Dossier d'absence et de reprise (employeur)	Limitation des finalites RGPD	jusqu'a 2 ans apres le contrat
Accidents du travail et declarations	Reglementation du travail	selon le delai legal
Suivi de sante lie aux substances dangereuses	Reglementation du travail	jusqu'a 40 ans
Donnees personnelles du salarie	Tant que necessaire	lie a la finalite
Correspondance et brouillons	Sans obligation	eliminer aussitot

Utilisez ce tableau comme repere, pas en remplacement des regles applicables. Pour les donnees d'absence non medicales que vous conservez en tant qu'employeur, la ligne rejoint celle du dossier du personnel sous le RGPD. Le delai medical du medecin du travail rejoint la longue ligne du delai de conservation WGBO des dossiers patients. En cas de doute sur une partie precise, consultez votre delegue a la protection des donnees.

Donnees sensibles : la sante des salaries

Les donnees de sante sont des donnees sensibles et beneficient de la protection la plus forte sous le RGPD. Tout ce que le medecin du travail consigne sur la sante d'un salarie en releve, tout comme le resultat d'un examen de sante au travail ou un avis d'aptitude. Le traitement de ces donnees est soumis a des conditions strictes, et leur conservation obeit a la limitation de stockage. Cela signifie que vous ne les gardez pas plus longtemps que la finalite ne l'exige.

En pratique, le risque se trouve souvent dans les pieces isolees. Un compte rendu de consultation imprime, une copie d'un resultat d'examen ou un ancien rapport de reprise sur papier est aussi sensible que le dossier lui-meme. Traitez donc ces pieces avec le meme soin que le dossier principal et eliminez-les des qu'elles ont servi leur finalite. Un cas particulier concerne les donnees issues du suivi de l'exposition aux substances dangereuses, que la reglementation du travail impose au contraire de conserver tres longtemps, jusqu'a quarante ans.

Le role de sous-traitant vis-a-vis de l'employeur

Un service de sante au travail agit sur instruction de l'employeur, mais cela n'en fait pas automatiquement un sous-traitant. Pour les taches purement medicales du medecin du travail, le service est souvent lui-meme responsable du traitement, car le medecin du travail porte une responsabilite legale et medicale propre. Pour le suivi administratif de l'absence que le service assure pour le compte de l'employeur, un role de sous-traitant peut s'appliquer. Ce n'est donc pas une question tranchee, mais une repartition par tache.

Consignez cette repartition par ecrit. La ou le service agit comme sous-traitant, un accord de traitement s'impose, avec des clauses sur la securite, les delais de conservation et la destruction. Parcourez pour cela la checklist de l'accord de traitement. Ainsi chacun sait qui est responsable de quoi et qui, au bout du compte, detruit les donnees et le demontre.

Comment proceder en 6 etapes

1. Separez les dossiers en un dossier medical et un dossier d'absence non medical.
2. Limitez le dossier de l'employeur aux donnees non medicales sur l'absence et la reprise.
3. Gardez le dossier medical sous la gestion du medecin du travail avec un acces propre.
4. Consignez la repartition des roles dans un accord de traitement la ou il s'applique.
5. Rassemblez ce qui peut partir dans des conteneurs fermes, pas dans le bac a papier.
6. Faites detruire en confiance avec un certificat et notez-le dans votre registre.

Detruire en confiance avec un certificat

Les dossiers medicaux et d'absence sont detruits en confiance, car ils contiennent les donnees personnelles les plus sensibles d'un salarie. Le papier et les eventuels supports voyagent scelles et le restent jusqu'a la destruction, de sorte que la chaine est fermee. Un ancien ordinateur de cabinet, une sauvegarde ou une armoire d'archives avec des comptes rendus de consultation en fait aussi partie.

Ensuite vous recevez un certificat de destruction avec la date, la quantite et le niveau. Ce certificat est votre preuve, au regard du RGPD, que vous avez agi avec soin. Notez la destruction dans votre registre des traitements. Nous collectons dans un rayon de 20 km autour d'Amsterdam sans frais de deplacement, travaillons a l'echelle nationale via des tournees groupees et facturons un prix fixe par carton ou par conteneur roulant. Le depot sur place n'est pas possible, cela fonctionne sur rendez-vous par enlevement.

Erreurs frequentes

• Des donnees medicales dans le dossier de l'employeur. Un diagnostic ou une cause d'absence n'y a jamais sa place.
• Conserver les dossiers d'absence indefiniment. Apres deux ans, la finalite disparait en general.
• Traiter les comptes rendus isoles comme du papier ordinaire. Ils sont aussi sensibles que le dossier.
• Ne pas consigner la repartition des roles. Sans clauses, on ignore qui detruit.
• Ne garder aucune preuve. Sans certificat, vous ne pouvez pas demontrer la destruction.

Questions frequentes

Combien de temps un service de sante au travail conserve-t-il les dossiers medicaux et d'absence ?

Le dossier medical tenu par le medecin du travail a son propre delai medical, souvent autour de quinze ans. Les donnees d'absence non medicales que l'employeur conserve se gardent moins longtemps, en general jusqu'a deux ans apres la fin du contrat. Ne conservez rien plus longtemps que la finalite ne l'exige.

L'employeur peut-il consulter le dossier medical du medecin du travail ?

Non. Le dossier medical releve du secret professionnel du medecin du travail et n'est pas accessible a l'employeur. L'employeur ne recoit que les informations non medicales necessaires au suivi de l'absence, comme les modalites de reprise du travail.

Un service de sante au travail est-il sous-traitant ou responsable du traitement ?

Cela depend de la tache. Pour les taches medicales du medecin du travail, le service est souvent lui-meme responsable. Pour le suivi administratif de l'absence pour le compte de l'employeur, un role de sous-traitant peut s'appliquer. Consignez cette repartition par ecrit.

Comment detruire les dossiers de sante au travail conformement au RGPD ?

En confiance et avec un certificat de destruction. Le papier et les supports voyagent scelles et la destruction est notee au registre des traitements.

Conclusion

Un service de sante au travail traite les donnees les plus sensibles d'un salarie, entre une obligation medicale de conservation et le RGPD. Gardez le dossier medical du medecin du travail strictement separe du dossier d'absence de l'employeur, conservez chaque partie pas plus longtemps que son propre delai et consignez la repartition des roles dans un accord de traitement. Ce qui peut partir, vous le faites detruire en confiance avec un certificat comme preuve. Ainsi vous protegez les donnees de sante de vos salaries et respectez les deux cadres.

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